ヒトの大部分の遺伝子多型を検出するプライマー／プローブ配列をカタログ化

株式会社ダナフォームは、理化学研究所と共同で既知のヒト遺伝子多型（SNP等）の大部分（約4000万箇所）を検出するプライマー・プローブセットを全て設計し、新サービスとしてWebサイトに公開しました。
公開Webサイト　http://www.dnaform.com/snp_assay_list/
研究者は公開された設計情報によって容易に遺伝子多型の解析研究を進めることができます。
プライマー・プローブセットの一部であるEprobe®は同社の蛍光オリゴ合成サービスより購入できます。

株式会社ダナフォーム（社長：三谷康正）と理化学研究所（理事長：野依良治）は、共同開発したDNA検出法「PEM（PCR Eprobe Melting）法」を使い、ヒトの既知の遺伝子多型約6,000万箇所を検出するためのプライマーと蛍光プローブ（Eprobe®）の最適な配列を全て計算し、世界最大規模となる約4,000万箇所に対するプライマーと蛍光プローブの配列をカタログ化しました。これにより、研究者はプライマー／プローブ配列の検討をすることなく、容易に遺伝子多型の解析研究を進めることができます。

一塩基多型（SNP）などの遺伝子多型に基づく個別化医療は、遺伝情報を活用した医療サービスの中で最も期待されている分野です。蛍光プローブEprobe®は従来のプローブよりも結合安定性が高く、配列を短くできるため、これまで設計の難しかった遺伝子多型が密集した領域に対して、設計が容易になりました。また、塩基の違いによる結合安定性の差がわずかな遺伝子多型に対しても、設計が容易になりました。

PEM法には遺伝子多型を検出するためのプライマーと蛍光プローブEprobe®のセットが必要です。そこで共同研究グループは、PEM法に最適化した設計ソフトウェア「Edesign」を使って各遺伝子多型を検出するためのプライマーおよびEprobe®の最適な配列を計算し、セットを選出しました。

今回のカタログ化により研究が効率化するため、遺伝子多型に基づく個別化医療に向け研究の加速が期待できます。プライマー・プローブセットの一部であるEprobe®は、ダナフォーム社の蛍光オリゴ合成サービスより購入できます。
カタログ化した約4,000万箇所のプライマーとプローブのセットの配列情報は、設計ソフトウェアのEdesignと併せて、ダナフォーム社のウェブサイトにて無償で公開しています。

・SNPアッセイカタログ（http://www.dnaform.com/snp_assay_list/）

・Edesign（http://www.dnaform.com/edesign/）