プラチナバイオがDNA言語モデルを活用した予測AIモデル作製プロトコールをオンライン公開
さくらインターネットの国産GPUクラウドサービス「高火力VRT」を活用し、幅広いゲノム課題への展開可能性を提示
プラチナバイオ株式会社（所在地：広島県東広島市、代表取締役CEO：奥原 啓輔、以下「当社」）は、DNA言語モデルを活用して特定のゲノム課題に対応するためのAI作製プロトコールをまとめたプロトコール論文「Workflow for Fine-Tuning and Evaluating DNA Language Models for Specific Genomics Issues」が、2026年4月3日に生命科学系プロトコール専門誌「Bio-protocol」(ISSN: 2331-8325)にてオンライン公開されたことをお知らせします（査読あり）。本論文は広島大学に設置されたプラチナバイオ共同研究講座バイオDX研究室内で執筆され、著者には当社研究開発部バイオDXチームチームリーダーの中前和恭と、Chief Scientific Officer (CSO)の坊農秀雅が含まれています。
DNA言語モデルとは、人工知能（AI）の一種で、A・T・G・Cからなる大量のDNA配列を、AIが文章のルールを学ぶように学習する技術です。今回のプロトコールでは、このDNA言語モデルの代表例であるDNABERT-2を、研究目的ごとに追加学習（ファインチューニング）し、性能を評価するまでの手順を、再現しやすい形で段階的に示しました。本プロトコールによって専門家だけの“勘”や“属人的なノウハウ”に頼らず、DNA配列から意味のある特徴を読み取るAIモデルを構築することが可能です。
論文内では、DNABERT-2のファインチューニングによってゲノム編集で問題となる「意図しないRNAへの影響（RNAオフターゲット）」の予測を行いました。さらに同様のファインチューニング方法によって、生命機能を担うタンパク質を遺伝子情報から作り出すために必要なプロモーター配列の予測も実施しています。こうした再現可能なプロトコールにより、生命研究者がさまざまなゲノム課題を予測し、課題解決の糸口を得るための基盤になり得ると考えています。
また、ファインチューニングには、国内企業であるさくらインターネット株式会社が提供するVM型GPUクラウドサービス「高火力 VRT」を利用しました。論文では、この環境では通常1日程度でファインチューニング処理を終えられる一方、別のGPUを5枚使った構成では約3～7日を要すると報告しており、高性能GPUクラウドが研究開発のスピードを大きく左右することを示しました。国産クラウド基盤を活用したハイスピードなAI研究も本成果の一つです。
当社は、「バイオテクノロジーで未来を拓く」をビジョンに、「生物機能をデザインして社会課題を解決する」ことをミッションとして掲げ、ゲノム編集とバイオDXのプラットフォームを展開しています。今回の文献公開は、AI、ゲノムデータ、計算基盤を組み合わせ、研究現場で実際に使える形へと落とし込む当社の取り組みを示すものです。今後も当社は、創薬・医療、フード＆アグリテック、環境・エネルギーなどの領域で、AIを活用したゲノム解析とゲノム編集の社会実装を推進してまいります。
■文献情報
論文タイトル：Workflow for Fine-Tuning and Evaluating DNA Language Models for Specific Genomics Issues
掲載先：Bio-protocol
論文リンク：https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5676
■プラチナバイオ株式会社について
当社は、広島大学の最先端バイオテクノロジーの社会実装を目指して設立したスタートアップ企業です。独自のバイオDX技術とゲノム編集技術を活用し、グローバルな社会課題を解決し得る生物機能をデザインするプラットフォーマーとして、様々な事業パートナーとの共創事業を推進しています。
所在地：広島県東広島市鏡⼭三丁⽬10番23号
設立：2019年8月30日
代表者：代表取締役CEO 奥原 啓輔
事業内容：バイオDXとゲノム編集を活用したデータ駆動型育種の支援
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