日本人のDNAは６割が海外由来！DNAが明かす、私たちの多民族ルーツ２

2026年6月　seeDNA遺伝医療研究所は、祖先の民族構成が分かる遺伝子検査「DNAルーツ」のサービスを開始しました。

株式会社seeDNA

2026年6月9日 14時24分

日本人に最も近い民族は韓国人。日本人が持つ平均「韓国人DNA」16％　

■ 前回記事の要約：「純粋な日本人」はわずか2％

　　前回の記事では、seeDNA遺伝学医学研究所が6,752人の口腔上皮サンプルから700カ所のSNV（一塩基多型）を解析し、国際的な「1000人ゲノムプロジェクト」の参照データと照合した大規模研究の結果を報告した。

　その最大の発見は、「90％以上の日本人特異的な遺伝子パターン」を持つ人は全体のわずか1.91％に過ぎないという事実であった。逆に、日本人特異的なDNA要素が10％未満の人々（遺伝学的には外国人に近いルーツを持つ集団）が全体の20.01％も存在していた。この分布はU字型を描いており、「日本人」として暮らしていても、遺伝的な構成は想像以上に多様であることが明らかになった。

　本稿では、この研究のさらに詳しいデータに踏み込み、日本在住者の「平均的な遺伝的構成」の全貌と、グローバル化が進む現代社会において「純血」という概念がいかに実態と乖離しているかを示す。

■ 日本在住者の平均「日本人DNA」はわずか39.99％

　前回の記事では「90％以上が日本人DNAという人はわずか2％」という分布の端のデータを紹介したが、では日本在住者全体の平均値はどうなのか。

　6,752人の解析結果によれば、日本在住者が持つ日本人特異的な遺伝的要素の平均比率は39.99％であった。つまり、日本に住む人々のDNAの約6割は、日本人特異的ではない他の集団に由来する遺伝的要素で構成されているということになる。

　この「40％未満」という数字が意味するのは、現代日本人のゲノムが単一の集団から受け継がれたものではなく、数万年にわたる縄文・弥生・古墳時代の三層の渡来を経て形成された多層的な混血の産物であるということだ。

■ 遺伝的に最も近い民族は韓国人（16.81％）

　日本人特異的要素（39.99％）に次いで最も大きな構成比を示したのは、韓国関連の遺伝的要素で16.81％、続いて中国系が11.85％であった。

　この結果は、日本列島への人類移動の歴史と深く呼応している。約3,000年前に朝鮮半島・中国東北部から渡来した弥生系集団は、水稲農耕を携えて日本列島に定着し、先住の縄文系集団と大規模な混血を行った。さらに約1,700年前の古墳時代には、主に朝鮮半島と中国から第三の渡来の波が到来した（Cooke et al., 2021; Yamamoto et al., 2024）。

　つまり、現代日本人が持つ韓国関連16.81％、中国系11.85％という数値は、数千年にわたる大陸との遺伝的交流の累積を反映したものであり、日本・韓国・中国の三国は遺伝学的にも近い関係にあることを裏付けている。

■ 年間5,700万人超が国境を越える時代に「純血」を語る意味はあるか

　日本人の遺伝的構成が歴史的に多層的であることは上述の通りだが、この多様化は過去の話にとどまらない。現代のグローバル化は、人の移動をかつてない規模で加速させている。

日本政府観光局（JNTO）の統計によれば、2025年の人の移動は以下の通りであった。

指標（2025年）	人数	備考
日本人の海外出国者数	1,473万人	前年比 +13.3%
訪日外国人旅行者数	4,268万人	4.5人中の一人は韓国
合計（年間の越境移動）	5,741万人	日本の人口の約46%に相当

（表1：2025年の越境移動データ。出典：日本政府観光局 JNTO、法務省出入国在留管理庁）

　日本人の海外出国者1,473万人と訪日外国人旅行者4,268万人を合わせると、年間約5,741万人が日本の国境を越えて移動している。これは日本の総人口（約1億2,400万人）の約46％に相当する規模である。

　もちろん、短期旅行と定住は異なる。しかし、これだけの人的交流が恒常的に行われている社会において、「純粋な日本人」という遺伝的境界線を引くことにどれほどの意味があるだろうか。数千年前から絶えず大陸との遺伝的交流を重ねてきた日本列島の歴史を踏まえれば、現代のグローバル化は、その延長線上にあるに過ぎない。

　遺伝的祖先は絶対的な境界ではなく、DNAプロファイルのゆるやかな連続体（グラデーション）である。今回の解析結果が示すように、「日本人」という集団の内部には、韓国、中国、東南アジア、さらにはアフリカや南アジアに至るまで、数万年にわたる人類の移動と混血の記録が刻まれている。