オミクロンBA.2.86株のウイルス学的特性の解明

【ポイント】
・2023年8月頃、それ以前に流行していたオミクロンXBB株とは配列の大きく異なるオミクロンBA.2.86株が出現した。本研究では、オミクロンBA.2.86株がオミクロンEG.5.1株などの既存の流行株よりも有意に高い実効再生産数（流行拡大能力）を示すことを明らかにした。
・オミクロンBA.2.86株に対して、現在使用されている抗ウイルス薬は有効であった。
・合胞体形成活性、細胞での増殖能は低下していた。
・ハムスターモデルにおけるオミクロンBA.2.86株の病原性は、オミクロンBA.2株およびEG.5.1株と比較して弱かった。

【発表概要】

　東京大学医科学研究所システムウイルス学分野の佐藤佳教授が主宰する研究コンソーシアム「The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan)」（注１）は、2023年8月ごろに出現したオミクロン（注２）BA.2.86株のウイルス学的特性を明らかにしました。オミクロンBA.2.86株は、それ以前に流行していたオミクロン亜株とは系統学的に大きく異なっており、オミクロンBA.2.86株のスパイクタンパク質（注３）には祖先株であるオミクロンBA.2株と比較して30種類以上の変異が蓄積しています。本研究では、オミクロンBA.2.86株は既存の流行株よりも有意に高い実効再生産数（注４）（流行拡大能力）を示すことを明らかにしました。
　さらに本研究では、オミクロンBA.2.86株についての詳細なウイルス学的実験を行いました。その結果、オミクロンBA.2.86株は、現在汎用されているレムデシビルやパキロビッド、ゾコーバなどの抗ウイルス薬のいずれに対しても高い感受性を有していました。感染受容体であるACE2（注５）結合能はEG.5.1株よりも高い一方で、合胞体形成活性（注６）、細胞での増殖能はEG.5.1株よりも低下していました。また、オミクロンBA.2.86株のハムスターモデルにおける病原性はオミクロンBA.2株、EG.5.1株に比べ、弱いことが明らかとなりました。
本研究成果は2024年1月26日、米国科学雑誌「Cell Host & Microbe」オンライン版で公開されました。

【展開】

　本研究で解析したオミクロンBA.2.86株は、その後さらに多様化し、進化しました。2024年1月現在、オミクロンBA.2.86株の子孫株であるオミクロンJN.1株が世界的な感染拡大を引き起こしており、問題となっています。今後もオミクロンBA.2.86株およびその子孫株の流行、性質、進化を継続的に監視することが重要です。
G2P-Japanでは、SARS-CoV-2の進化・流行動態を司る原理の解明に関する研究、および、出現が続くさまざまな変異株について、ウイルス学的な特性の解析や、中和抗体や治療薬への感受性の評価、病原性についての研究に取り組んでいます。G2P-Japanコンソーシアムでは、今後も、SARS-CoV-2の変異（Genotype）の早期捕捉と、その変異がヒトの免疫やウイルスの病原性・複製に与える影響（Phenotype）を明らかにするための研究を推進します。

【用語解説】

（注1）研究コンソーシアム「The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan)」
東京大学医科学研究所 システムウイルス学分野の佐藤教授が主宰する研究コンソーシアム。日本国内の様々な専門性を持つ若手研究者が参画し、多角的アプローチからウイルスの性質の解明に取り組んでいる。現在では、イギリスを中心とした諸外国の研究チーム・コンソーシアムとの国際連携も進めている。

（注２）オミクロン株（B.1.1.529, BA系統）
新型コロナウイルスの流行拡大によって出現した、顕著な変異を有する「懸念すべき変異株（VOC：variant of concern）」のひとつ。オミクロンBA.1株、オミクロンBA.5株、オミクロンBQ.1.1株、オミクロンXBB株などが含まれる。現在、日本を含めた世界各国で大流行している変異株である。

（注３）スパイクタンパク質
新型コロナウイルスが細胞に感染する際に、新型コロナウイルスが細胞に結合するためのタンパク質。現在使用されているワクチンの標的となっている。

（注４）実効再生産数
特定の状況下において、1人の感染者が生み出す二次感染者数の平均。ここでは、変異株間の流行拡大能力の比較の指標として用いている。

（注５）ACE2
Angiotensin-Converting Enzyme 2（アンジオテンシン変換酵素2）の略称で、新型コロナウイルスが細胞に感染する際に受容体として機能する。

（注６）合胞体形成活性
合胞体とは、新型コロナウイルスに感染した細胞が、スパイクタンパク質を細胞表面に発現し、周囲の細胞と融合することによって形成される大きな細胞塊のこと。合胞体形成活性とは、新型コロナウイルスのスパイクタンパク質を介して、合胞体を形成する能力のこと。

【論文情報】

〈雑誌〉Cell Host & Microbe
〈題名〉Virological characteristics of the SARS-CoV-2 BA.2.86 variant
〈著者〉田村友和#, 水間奎太#, Hesham Nasser#, 出口清香#, Miguel Padilla-Blanco#, 小田義崇#, 瓜生慧也#, Jarel E.M. Tolentino#, 辻野修平, 鈴木理滋, 児島一州, 直亨則, 清水凌, 王磊, 津田真寿美, Michael Jonathan, 小杉優介, Ziyi Guo, Alfredo A. Hinay Jr., Olivia Putri, Yoonjin Kim, 田中友理, 浅倉弘幸, 長島真美, 貞升健志, 吉村和久, The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, 齊藤暁, 伊東潤平, 入江崇, 田中伸哉*, Jiri Zahradnik*, 池田輝政*, 高山和雄*, 松野啓太*, 福原崇介*, 佐藤佳*
（#Equal contribution; *Corresponding author）

〈DOI〉https://doi.org/10.1016/j.chom.2024.01.001
〈URL〉https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312824000052

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