ゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェアCRISPRdirectパッケージ版を提供開始
CRISPR-Cas9のガイドRNA設計を自社内で高速かつ的確に実施可能に
株式会社レトリバ（本社：東京都新宿区、代表取締役 河原一哉、以下レトリバ）は、CRISPR-Cas9によるゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェア「CRISPRdirect（クリスパーダイレクト）※1パッケージ版」を2020年8月6日より提供開始します。
CRISPRdirectパッケージ版は、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（以下DBCLS）の提供するCRISPRdirectウェブ版と同様のガイドRNA設計を自社内のコンピュータ上で実施することが出来ます。
CRISPRdirectパッケージ版は、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（以下DBCLS）の提供するCRISPRdirectウェブ版と同様のガイドRNA設計を自社内のコンピュータ上で実施することが出来ます。
■「CRISPRdirectパッケージ版」についての詳細はこちら
https://crispr.retrieva.jp/
従来のウェブ版は、ガイドRNAの設計やオフターゲット検索がDBCLSの保有するサーバ上で実行されるため、製薬企業等が秘匿情報を含む遺伝子や塩基配列に対しガイドRNAを設計することが情報管理の面で難しいという問題がありました。そこで、同様の設計を企業の保有するコンピュータ上で実行可能な「CRISPRdirectパッケージ版」を開発しました。
CRISPRdirectパッケージ版は、従来のウェブ版と同等のソフトウェアをコンテナ型仮想化技術であるDockerを用いてポータブルSSD内にパッケージ化したものです。オフライン環境でも利用できるため、設計内容の漏洩を防止することが可能です。
また、従来のウェブ版は塩基配列データベースの更新にともないガイドRNAの設計結果やオフターゲット検索結果が変化する場合がありますが、CRISPRdirectパッケージ版はソフトウェアとデータベースのバージョンを固定することができるため、過去の結果をいつでも再現できるというメリットがあります。
※1 CRISPRdirectは大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の登録商標です。
２．ガイドRNAのオフターゲット候補部位を検索することが出来る
【参考】CRISPRdirectウェブ版とパッケージ版の比較
CRISPR-Cas9システムとは、ゲノム上の任意の配列を簡便に編集することができるゲノム編集技術です。CRISPR-Cas9システムに用いるガイドRNAは、PAMとよばれる配列に隣接し、かつ全ゲノムのなかで特異性の高い配列を標的とするよう設計する必要があります。
CRISPRdirectは、ウェブブラウザ上で様々なパラメータを考慮しながら特異性の高いガイドRNA設計を行うことができます。また、設計したガイドRNAによるオフターゲット候補部位を検索することができます。オフターゲット候補部位の検索には、レトリバの開発した高速で漏れのない文字列検索エンジンが使われています。
会社情報
【株式会社レトリバについて】
レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションとし、テキストデータを効果的に活用するためのソフトウェア群を提供しています。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとして検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しています。
所在地：東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル36階
代表者：代表取締役 河原 一哉
資本金：1億円
事業内容：自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売･導入およびサポート
コーポレートサイト：https://retrieva.jp/
【本リリースに関するお問い合わせ先】
株式会社レトリバ
製品企画部 広報 市原
E-mail: pr@retrieva.jp
https://crispr.retrieva.jp/
従来のウェブ版は、ガイドRNAの設計やオフターゲット検索がDBCLSの保有するサーバ上で実行されるため、製薬企業等が秘匿情報を含む遺伝子や塩基配列に対しガイドRNAを設計することが情報管理の面で難しいという問題がありました。そこで、同様の設計を企業の保有するコンピュータ上で実行可能な「CRISPRdirectパッケージ版」を開発しました。
CRISPRdirectパッケージ版は、従来のウェブ版と同等のソフトウェアをコンテナ型仮想化技術であるDockerを用いてポータブルSSD内にパッケージ化したものです。オフライン環境でも利用できるため、設計内容の漏洩を防止することが可能です。
また、従来のウェブ版は塩基配列データベースの更新にともないガイドRNAの設計結果やオフターゲット検索結果が変化する場合がありますが、CRISPRdirectパッケージ版はソフトウェアとデータベースのバージョンを固定することができるため、過去の結果をいつでも再現できるというメリットがあります。
※1 CRISPRdirectは大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の登録商標です。
- 製品の特長
２．ガイドRNAのオフターゲット候補部位を検索することが出来る
【参考】CRISPRdirectウェブ版とパッケージ版の比較
| CRISPRdirectウェブ版 | CRISPRdirectパッケージ版 | |
| 設計の匿秘性 | 一般のウェブサービスと同（HTTPSによる暗号化あり） | オフラインで利用可能なため設計内容の漏洩を防止可能 |
| 利用可能なゲノムデータベース | 公開されたデータベースのみ | 独自のデータベースを追加可能（オプション） |
| 利用形態 | https://crispr.dbcls.jp/ より無償で利用可能* |
レトリバよりパッケージを購入しPCに導入して利用 |
* DBCLSの公開するウェブ版は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できます。
- CRISPRdirectについて
CRISPR-Cas9システムとは、ゲノム上の任意の配列を簡便に編集することができるゲノム編集技術です。CRISPR-Cas9システムに用いるガイドRNAは、PAMとよばれる配列に隣接し、かつ全ゲノムのなかで特異性の高い配列を標的とするよう設計する必要があります。
CRISPRdirectは、ウェブブラウザ上で様々なパラメータを考慮しながら特異性の高いガイドRNA設計を行うことができます。また、設計したガイドRNAによるオフターゲット候補部位を検索することができます。オフターゲット候補部位の検索には、レトリバの開発した高速で漏れのない文字列検索エンジンが使われています。
会社情報
【株式会社レトリバについて】
レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションとし、テキストデータを効果的に活用するためのソフトウェア群を提供しています。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとして検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しています。
所在地：東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル36階
代表者：代表取締役 河原 一哉
資本金：1億円
事業内容：自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売･導入およびサポート
コーポレートサイト：https://retrieva.jp/
【本リリースに関するお問い合わせ先】
株式会社レトリバ
製品企画部 広報 市原
E-mail: pr@retrieva.jp
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