医薬基盤・健康・栄養研究所、GGGenomeパッケージ版で工数削減、精度向上を実現

人工核酸スクリーニングプロジェクトにおいてアンチセンス核酸のオフターゲットリスク評価に「GGGenomeパッケージ版」を利用し、日本発の核酸医薬開発を目指す

株式会社レトリバ（本社:東京都新宿区、代表取締役 河原一哉）は高速塩基配列検索「GGGenome パッケージ版」が国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所（本社：大阪府茨木市、理事長：中村祐輔、以下「医薬健栄研」）にて採用されたことをお知らせいたします。

• 導入背景

医薬健栄研の人工核酸スクリーニングプロジェクトでは、核酸技術を柱に、大学などのアカデミアからの創薬シーズに核酸技術シーズを加えて企業に導出し、医薬品としていち早く実用化することを図っています。設計したアンチセンス核酸のオフターゲットリスク評価において数千、数万にまで上る対象を一つひとつ解析するのは極めて困難であり、情報流出リスクの観点からもオフラインで解析する必要がありました。
GGGenomeパッケージ版は、オフラインでセキュアに利用できることに加え、複数の塩基配列を同時に検索、データベースを横断して検索することが可能で、工数が体感で1/10にまで削減されたと高く評価されました。今後同プロジェクトでは、配列設計の方法を最適化し、注目遺伝子ハイライト機能の利用も含め、新しい設計の評価指標を作れないか検討していくとのことです。
https://gggenome.retrieva.jp/exam_nibiohn

• 医薬健栄研について

医薬健栄研は、世界最高水準の医療の提供に寄与する革新的な医薬品等の開発に資するよう、医薬品等に係る基盤的技術の研究及び生物資源に係る研究並びにそれらの成果等も活用した創薬等支援を進めています。また、科学的根拠に基づいた健康・栄養政策の立案及び誰一人取り残さない対策に必要な研究を推進することにより、国民の健康寿命の延伸・健康格差解消に貢献します。加えて、本研究所の特性を活かし「医薬品等に関する専門性」（メディカルサイエンス）と「栄養・食生活及び身体活動等に関する専門性」（ヘルスサイエンス）を融合した研究を一層促進し、国民の健康の保持増進に資する研究成果の創出に努めています。
https://www.nibiohn.go.jp/

• GGGenome パッケージ版について

GGGenome パッケージ版は、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（以下DBCLS）の提供するGGGenome ウェブ版と同様に、類似した塩基配列の検索を高速に漏れなく行うソフトウェアです。インターネットに接続することなく、自社内のコンピュータ上で使用することが出来るため、検索塩基配列を秘匿化することができるとともに、インターネットサービスでは負荷が大きく不可能であった大量の検索を行うことができます。GGGenome パッケージ版 創薬基本パックには、創薬研究に必要なヒト、マウス、ラットをはじめとする7種の生物種のゲノムや転写産物が幅広く含まれており、すぐに検索を実施することが可能です。
製品紹介サイトでは、GGGenome 開発者であるDBCLS内藤特任助教のインタビュー記事や一般社団法人化学物質評価機構（CERI）での導入事例も紹介しております。
https://gggenome.retrieva.jp

• 株式会社レトリバについて

株式会社レトリバは「ことばを、知識に。」をビジョンに、自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとした検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しております。
所在地：東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル32階
代表者：代表取締役 河原 一哉
資本金：209,943,750円
事業内容：自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売･導入およびサポート
https://retrieva.jp/