高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenomeパッケージ版」創薬基本パック2023年版提供開始

株式会社レトリバ

2023年5月16日 11時00分

高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenome(ゲゲゲノム)※1パッケージ版」創薬基本パックを提供する株式会社レトリバ（本社：東京都新宿区、代表取締役田口琢也）は、核酸医薬品の研究開発の推進に貢献するため、新たにアカゲサル・ウサギのゲノム及び転写産物のデータセットを含むD3Gデータベースを追加し、さらに検索機能や利便性が向上した2023年版の提供を開始いたしました。

（※1 GGGenomeは大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の登録商標です。）

「GGGenome」とは

GGGenomeは、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター（以下DBCLS）の提供する、ゲノム等の塩基配列を高速に検索するウェブサービスです。以下、パッケージ版と区別するために「GGGenomeウェブ版」と表記します。

「D3G」とは

D3GはAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業河合班（2017～2022年度）において構築され、現在は川路班「ゲノム情報を活用した新規創薬ターゲットの探索等の基盤整備に関する研究」（2023年度～）により維持されています。核酸医薬の創薬と薬事で広く用いられており、GGGenome ウェブ版からも検索できます。

https://d3g.riken.jp/

「GGGenomeパッケージ版」とは

「GGGenomeパッケージ版」は、「GGGenomeウェブ版」と同様の塩基配列検索を自社内のコンピュータ上で実施することが出来ます。「GGGenomeパッケージ版」創薬基本パックには、創薬研究に必要なヒト、マウス、ラットをはじめ創薬研究に必要な各種実験動物のゲノムや転写産物が幅広く含まれており、すぐに検索を実施することが可能です。

背景

塩基配列の検索対象となるゲノムやRNAのデータベースは日々更新されるため、核酸医薬品の創薬研究において最新の情報を反映していくことが重要です。

また、核酸医薬品の創薬研究において塩基配列の検索を効率的にかつ正確に行うことは、研究開発に要する期間とコストの短縮につながり、結果として世の中に新たな医薬品がより早く市場に出ることに繋がります。

「GGGenomeパッケージ版」創薬基本パック2023年版の更新内容

2023年版は、NCBI RefSeq、核酸医薬のためのゲノミクス・データベースD3G等の検索用データを更新し、9種の生物種をカバーする41のデータセットを同梱しました。D3G最新版では、新たにアカゲサルとウサギのデータセットが追加されており、そのほかの生物種についても最新のデータセットへと更新されています。

検索機能については、タイムアウトの制限を大幅に緩和することで、検索結果が多数ある場合にも途中で検索が終了することなく、すべてを出力できるように改善いたしました。また、検索結果画面にサマリを表示し、検索結果の一覧を確認することができるよう改善いたしました。検索結果のサマリはcsv形式でダウンロードすることも可能です。