レトリバ、有効性と安全性の高いsiRNA設計ソフトウェア「siDirectPlus」2024年版を提供開始

株式会社レトリバ

2024年5月14日 10時00分

AI技術で組織の課題解決を支援する株式会社レトリバ（本社:東京都豊島区、代表取締役田口琢也）は、siRNA設計ソフトウェアsiDirectPlus2024年版の提供を開始いたしました。

siDirectPlus2024年版を導入することで、より効率的に有効性と安全性の高いsiRNA（※1）を設計できるようになりました。

※1siRNA・・・遺伝子の発現を抑制する役割を持つ二本鎖RNA。これまで治療法のなかった病気の治療や、遺伝子の機能解析などの研究に広く利用されている。その特性から、遺伝子の発現を特定のターゲットに向けて制御するための有力なツールとして注目されている。

siDirectPlusとは

siDirectは2004年に東京大学から発表された、siRNA設計ソフトウェアです。東京大学程久美子准教授らの提唱したアルゴリズムを用いており、それまでは安定して効果を出すことが難しかったsiRNAの設計を、誰もが簡単に行うことができます。

今回提供するsiDirectPlusは、無償で使用できるウェブ版をオフラインで利用できるようにしたパッケージ版となっております。オフターゲット遺伝子（※2）の検索には、GGGenomeを使用しています。

※2オフターゲット遺伝子・・・核酸医薬品の標的以外の遺伝子であり、意図せず発現を制御してしまう可能性のある遺伝子

siDirectPlus2024年版の更新内容

siDirectPlus2024年版では下記が可能となりました。

標的遺伝子を認識するのに重要な領域であるシード領域と似ている配列を3’-UTR（※3）にもつ遺伝子を抽出できるようになった。
- オフターゲット効果が懸念される遺伝子を漏れなく抽出することができるため、現実的な安全性評価ができる。
オフラインで塩基配列の情報を取得可能に
- 標的遺伝子（※4）の配列情報入力時に、siDirectPlusに搭載されている最新のデータベースを参照することができるため、完全にオフラインで使用することができます。これにより、秘匿情報である検索した塩基配列の情報が外部に漏れるリスクがありません。
オフターゲット遺伝子のデータを一括でダウンロード可能に
- 従来欲しいデータを一つずつダウンロードしていましたが、一括でダウンロードできるようになったことでその手間を省くことができ、効率的にsiRNAの評価を行うことができるようになりました。

※33’-UTR・・・遺伝子のうち、タンパク質の情報を持たない一部の領域

※4標的遺伝子・・・遺伝子変異の導入や組換えなどを起こさせる目標とする遺伝子

提供背景

siRNAは効率的に標的遺伝子の発現を抑制することができるため、基礎研究から医薬品としての応用まで幅広く活用されています。その一方で、標的以外の遺伝子に作用してしまうオフターゲット効果が懸念されます。なかでもシード領域（標的遺伝子を認識するのに重要な領域）と似ている塩基配列を3’-UTR領域にもつ遺伝子の発現を抑制してしまう効果が懸念されています。

siDirectPlusでは、これまで全長と似ている塩基配列をもつ遺伝子を抽出する機能は持っていましたが、前述の遺伝子を抽出する機能はなかったため、これらの影響を単体で評価することが難しいという課題がありました。

また、siDirectPlusはオフラインでsiRNAの設計およびオフターゲット遺伝子の抽出ができますが、標的遺伝子の配列入力時にデータベースを参照する際は、オンライン上のデータベースを参照していました。このような秘匿情報である標的遺伝子の情報が外部に漏れるリスクがあるということが課題となっていました。

さらに、設計したsiRNAのリストおよびオフターゲット遺伝子のリストを各々ダウンロードすることはできていましたが、一括してダウンロードする機能はなかったため、効率的に安全性を評価することが難しいという課題がありました。

以上のような課題を解決するため、siDirectPlus2024年版をリリースすることとなりまし

た。

siDirectPlusの独自性

siRNAを設計するツールはウェブアプリとして様々なものが提供されていますが、siDirectPlusは以下のような独自性があります。

①東京大学での開発したアルゴリズムによって効果の高いsiRNAが設計できる

②一貫してオフラインで用いることができる

③安全性の評価においてレトリバが提供する高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版を用いている

ということが他と異なります。

その結果、製薬企業等の情報を秘匿化したいというニーズに応えることができるとともに、効率的なsiRNAの設計を行うことができます。また、レトリバはGGGenomeの検索エンジンを開発してきた強みを生かし、siDirectPlusを現場のニーズに合わせてアップデートを行うことができます。これにより、膨大な期間とコストを必要とする核酸医薬品の創薬において、期間とコストの削減に寄与することができます。

使用方法・料金

製品はSSD（USBメモリ）で提供され、手持ちのPCにSSDを接続することによって利用できます。

サブスクリプションプランとして年間300万円にて提供いたします（GGGenomeパッケージ版の費用も含まれます）。

今後について

siDirectPlusを提供することで、核酸医薬品の創薬過程における設計および安全性評価を効率化することができます。

それにより、これまでに治療法のなかった患者様へ、一日でも早く新たな治療薬が提供されるように、貢献していきたいと考えています。

株式会社レトリバについて

私たちは「ことばを、知識に。」をビジョンに、自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとした検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しております。

所在地：東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル32階
代表者：代表取締役CEO　田口琢也
事業内容：自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売･導入およびサポートコーポレートサイトURL：https://retrieva.jp

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担当者：土橋・辻　pr@retrieva.jp