高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版 COVID-19パック提供開始
PCR検査用の新たなプライマー等の設計の高度化・迅速化に貢献
株式会社レトリバ（本社：東京都新宿区、代表取締役 河原一哉）は、高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenome（ゲゲゲノム）※1パッケージ版」に新たに新型コロナウイルス感染症（COVID-19）関連の生物種のゲノムデータを収録したCOVID-19パックを2020年6月11日より提供開始します。
■「GGGenomeパッケージ版」COVID-19パックについての詳細はこちら
https://gggenome.retrieva.jp/
COVID-19のPCR検査に用いるプライマー※2やプローブ※3は、常在菌や他のウイルスに由来する核酸配列との交差性※4を確認することが求められています。ところが、これまで交差性を確認すべき生物種の塩基配列を包括的に含むデータベースは整備されておらず、さらに一般的な塩基配列検索ブログラムによる検索は操作が煩雑なうえ見落としが生じる場合もあり、交差性を適切に評価することが困難でした。
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（以下DBCLS）の提供するGGGenomeウェブ版にWHO のガイダンスに示された「コロナウイルス 7 種＋その他の生物種 32 種」、 FDA のガイダンスに示された「コロナウイルス 7 種＋その他の生物種 20 種」などCOVID-19 関連の生物種のゲノムの配列が追加され、交差性の確認ができるようになりました。
今回、GGGenomeパッケージ版では、上記のデータに加え、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）ゲノム横断検索DBとヒト ゲノム・RNAデータ（GRCh38/hg38、理研 D3G unspliced mRNA、RefSeq RNA）をパッケージングし、提供を開始します。
「GGGenomeパッケージ版」COVID-19パックで検索することにより、交差性の確認を正確、迅速、簡便に実施することが可能となりました。PCR検査用の新たなプライマー等の設計の高度化・迅速化に貢献します。
※1 GGGenomeは大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の登録商標です。
※2 PCR 検査で検出したい核酸配列を増幅する際の起点となる 20 塩基程度の一本鎖DNA。
※3 目印となる化学物質（蛍光色素等）を付けた、目的とする核酸配列と相補的に結合する25塩基程度の一本鎖DNA。
※４ 他の生物種に類似した核酸配列があり、プライマーあるいはプローブが検出目的ではない他の生物種の核酸配列と結合する可能性があること。
発売日：2020年6月11日
価格： 2,000,000円(税抜)
https://gggenome.retrieva.jp/
ウェブブラウザ上で利用できるツールとしてDBCLSより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することができます（GGGenomeウェブ版 https://GGGenome.dbcls.jp/）。
内部の文字列検索エンジンをレトリバが開発しており、ゲノムや転写産物などの塩基配列データから生成した接尾辞配列（suffix array）およびFM-indexとよばれる検索インデックスを、高速な補助記憶装置であるSSD上に配置することにより、高速で見落としのない検索を実現しています。
GGGenomeは短い塩基配列の検索において正確で漏れがないため、PCRのプライマーやプローブの交差性の確認に適しています。
https://dbcls.rois.ac.jp/ja/2020/05/29/post1.html
会社情報
【株式会社レトリバについて】
株式会社レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションに、自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとした検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しております。
所在地：東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル36階
代表者：代表取締役 河原 一哉
資本金：12億73百万円(資本準備金含む)
事業内容：自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売･導入およびサポート
コーポレートサイト：https://retrieva.jp/
【本リリースに関するお問い合わせ先】
株式会社レトリバ
製品企画部 広報 市原
E-mail: pr@retrieva.jp
https://gggenome.retrieva.jp/
COVID-19のPCR検査に用いるプライマー※2やプローブ※3は、常在菌や他のウイルスに由来する核酸配列との交差性※4を確認することが求められています。ところが、これまで交差性を確認すべき生物種の塩基配列を包括的に含むデータベースは整備されておらず、さらに一般的な塩基配列検索ブログラムによる検索は操作が煩雑なうえ見落としが生じる場合もあり、交差性を適切に評価することが困難でした。
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（以下DBCLS）の提供するGGGenomeウェブ版にWHO のガイダンスに示された「コロナウイルス 7 種＋その他の生物種 32 種」、 FDA のガイダンスに示された「コロナウイルス 7 種＋その他の生物種 20 種」などCOVID-19 関連の生物種のゲノムの配列が追加され、交差性の確認ができるようになりました。
今回、GGGenomeパッケージ版では、上記のデータに加え、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）ゲノム横断検索DBとヒト ゲノム・RNAデータ（GRCh38/hg38、理研 D3G unspliced mRNA、RefSeq RNA）をパッケージングし、提供を開始します。
「GGGenomeパッケージ版」COVID-19パックで検索することにより、交差性の確認を正確、迅速、簡便に実施することが可能となりました。PCR検査用の新たなプライマー等の設計の高度化・迅速化に貢献します。
※1 GGGenomeは大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の登録商標です。
※2 PCR 検査で検出したい核酸配列を増幅する際の起点となる 20 塩基程度の一本鎖DNA。
※3 目印となる化学物質（蛍光色素等）を付けた、目的とする核酸配列と相補的に結合する25塩基程度の一本鎖DNA。
※４ 他の生物種に類似した核酸配列があり、プライマーあるいはプローブが検出目的ではない他の生物種の核酸配列と結合する可能性があること。
- 製品概要
発売日：2020年6月11日
価格： 2,000,000円(税抜)
https://gggenome.retrieva.jp/
- GGGenomeについて
ウェブブラウザ上で利用できるツールとしてDBCLSより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することができます（GGGenomeウェブ版 https://GGGenome.dbcls.jp/）。
内部の文字列検索エンジンをレトリバが開発しており、ゲノムや転写産物などの塩基配列データから生成した接尾辞配列（suffix array）およびFM-indexとよばれる検索インデックスを、高速な補助記憶装置であるSSD上に配置することにより、高速で見落としのない検索を実現しています。
GGGenomeは短い塩基配列の検索において正確で漏れがないため、PCRのプライマーやプローブの交差性の確認に適しています。
- 関連リリース
https://dbcls.rois.ac.jp/ja/2020/05/29/post1.html
会社情報
【株式会社レトリバについて】
株式会社レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションに、自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとした検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しております。
所在地：東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル36階
代表者：代表取締役 河原 一哉
資本金：12億73百万円(資本準備金含む)
事業内容：自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売･導入およびサポート
コーポレートサイト：https://retrieva.jp/
【本リリースに関するお問い合わせ先】
株式会社レトリバ
製品企画部 広報 市原
E-mail: pr@retrieva.jp
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